Происхождение жизни, или биогенез (Т. Гексли), отрицается идеалистами. Они полагают, что жизнь существовала на Земле вечно или ее зародыши занесены с других планет. Однако доказано, что в ранние периоды зарождения Земли жизнь не могла существовать, так как все живое неизбежно погибло бы в физических условиях того времени, не могла она быть занесенной и с других планет, так как все живое неизбежно погибло бы при действии космических лучей.
В течение многих тысячелетий на Земле не было жизни. Затем при определенных физических условиях в водах первобытного океана начали образовываться высокомолекулярные полимеры — белковоподобные и другие органические вещества, которые впоследствии выделились из водного раствора и образовали скопления органического вещества (коацерватные капли), химически взаимодействующие с окружающей средой. Благодаря характерным особенностям этих химических реакций некоторые капли органических веществ разрушались, а другие разрастались и сохраняли устойчивость. В результате происходил отбор тех коацерватных систем, которые сохранялись в процессах распада и синтеза. На протяжении многих тысячелетий развитие и усложнение органических веществ привело к возникновению нового качества — характерной для жизни способности к самовозобновлению.
В дальнейшем из сложных систем органических веществ, обладавших устойчивой способностью к самовосстановлению, развились простейшие первобытные организмы, еще не имеющие структуры клеток. Затем возникли одноклеточные организмы. На следующем этапе появились многоклеточные организмы, состоящие из отдельных органов и их систем, выполняющих разные функции. Эволюция организмов происходила в соответствии с изменениями окружающего их внешнего мира.
Живые организмы участвуют в круговороте веществ. Они состоят из элементов, которые называются биогенными и содержатся во всей массе животных и растительных организмов, населяющих планету. Эта масса живых существ в геохимии называется «живым веществом». В состав «живого вещества» входят следующие биогенные элементы (в процентах): кислород — 70, углерод —18, водород — 10, кальций — 0,5, азот — 0,3, фосфор — 0,07 и др. Общая масса «живого вещества» около 0,01% массы земной коры. В геохимии биогенез — это перемещение, концентрация и рассеяние биогенных элементов, происходящие в результате жизнедеятельности организмов. Изучение биогеохимических процессов позволяет определить происхождение многих пород и руд; например, каменный уголь, торф, сланцы, нефть — следствие биогенеза. С другой стороны, различия в составе земной коры в разных местностях существенно влияют на строение и функции организмов.