Простейшие одноклетные организмы, имеющие ясную дифференцировку протопласта на ядро и протоплазму, и снабженные в период активной жизни так называемым жгутиком, называются монадами или флагеллатами, от латинского слова flagellum — жгут. Клетка их одета альбуминоидной оболочкой, а не целлюлозной, деление клетки продольное, период покоя сопровождается образованием покоящихся цист.
Между ними есть и организмы, лишенные окраски и снабженные пищеварительными вакуолями и ротовым отверстием, благодаря чему их питание явно животного типа; но есть и организмы, снабженные хлорофиллом и другими дополнительными пигментами и питающиеся, подобно высшим растениям, за счет воды, газов, в ней растворенных, и минеральных веществ. Такие зеленые организмы являются как бы типом первичных растений. Вместе с тем здесь мы начинаем знакомство с основным рядом, в пределах которого легко подобрать правильный ряд все осложняющихся организмов от простейших до высших. По всей вероятности, мы найдем здесь не один непрерывный филогенетический ряд, а конечные фазы многих параллельно развивающихся рядов, отдаленные предки которых, может быть, и составляли основной восходящий ряд эволюционирующих организмов, т. е. предо: зеленых монад дал предков Volvocales, а эти — предков ряда Ргоtococcales; с другой стороны, те же предки зеленых монад дали современные зеленые монады; предки Yolvocales — современные Volvocales; наконец, предки протококковых — современные Protococcales.
Таким образом, и современные организмы, не будучи связаны прямым родством, дают иллюзию эволюционирующего ряда.
Для более полного знакомства с типом жгутиковых интересно также рассмотреть представителей монад с желтыми, золотистыми или оливково-бурыми хроматофорами, окрашенными, кроме хлорофилла, дополнительными пигментами — фикохризином или бурым пигментом, близким к пигменту перидиней. Среди хризомонад встречаются как одноклетные организмы — хромулины, Chromulina, так и колониальные формы с подвижными колониями — синура, Synura, динобрион, Dinobryon или прикрепленными — гидрурус, Hydrurus. Характерным признаком хризомонад является накопление в клетках особого продукта ассимиляции — лейкозина — и отложение кремнезема в оболочках цист.
Как представителя криптомонад можно рассмотреть криптомонаду Cryptomonas, отличающуюся дорзивентральным строением тела с выпуклой спинной и плоской или слабо вогнутой брюшной стороной и буроватооливковым хроматофором. Продуктом ассимиляции является крахмал или близкий к нему углевод.