Малайский архипелаг включает Большие и Малые Зондские, Молуккские, Филиппинские о-ва и множество более мелких (всего более 10 тыс. островов общей площадью около 2 млн. км2). Этот островной регион рассматривается в составе субконтинента Южной и Юго-Восточной Азии по традиции, имеющей основания: регион включает крупные и мелкие архипелаги и острова запада Тихого океана, климат которых формируется, как и в пределах всего субконтинента, под влиянием циркуляции экваториальных муссонов. На островах продолжаются структуры южной окраины Альпийско-Гималайского подвижного пояса. Мелководные моря и проливы, которые в недавние геологические эпохи имели меньшие площади, не препятствуют проникновению на острова растений и животных с материка. В природе островного региона есть черты, общие для всего Южноазиатского субконтинента. Однако имеются и значительные отличия, которые определяют специфические природные особенности. Почти все острова заняты Индонезией, Малайзией, Филиппинами.
Земная кора в пределах региона отличается крайней степенью раздробленности. Здесь сложное сочетание морских бассейнов как океанических — глубокие моря Сулу, Сулавеси, север Южно-Китайского, так и мелководных шельфовых — Яванское, юг Южно-Китайского и др. Острова находятся на стыке двух подвижных поясов: Альпийско-Гималайского и Тихоокеанского.
Прослеживается система островных дуг переходной зоны Тихого океана с глубоководными желобами, в том числе Филиппинский желоб — один из глубочайших на земном шаре. Есть и материковые острова. Крупнейший — Калимантан занимает по размерам третье место в мире. Материковые острова и шельфовые моря лежат в пределах континентальной плиты, различного геологического возраста. Большинство островов имеют изрезанную береговую линию и неровный рельеф — результат дифференцированных новейших тектонических движений. Наибольшей высоты достигает нагорье на Калимантане (г. Кинбалу — 4101 метров) и горы о. Сулавеси (3000 м и более), которые крутыми уступами обрываются к берегу моря. В то же время на островах есть участки пластовых и аккумулятивных низменностей, часто с поверхности перекрытых молодыми лавами и вулканическим пеплом.
Современный вулканизм развит на многих островах. Это свидетельствует о том, что активная тектоническая деятельность в пределах региона не закончилась.
Горные цепи на Яве, Суматре и некоторых других островах представляют собой цепи вулканических конусов на складчатом основании высотой 2000-3000 метров. Много активно действующих вулканов, еще больше — потухших, находящихся в стадии разрушения. Высшая точка этой горной системы — действующий вулкан Керинчи (3800 метров). Известно катастрофическое извержение вулкана на о. Кракатау в 1883 г., сопровождавшееся взрывом, уничтожившим половину острова. Извержения на Кракатау продолжаются и в наше время. Много действующих вулканов на Филиппинских о-вах.
Господство в течение всего года экваториальных воздушных масс — вторая отличительная черта региона.
Над раздробленной сушей и прогретыми водами развивается мощная конвекция. Воздух и летнего, и зимнего муссонных потоков неустойчиво стратифицирован и дает большое количество осадков. Общая закономерность — на большей части островов летний максимум осадков и количество их на западных склонах больше, чем на восточных. Лишь на северо-востоке зимний муссон обильно орошает и восточные склоны. В целом в регионе формируется экваториальный климат с постоянно высокими температурами, абсолютной влажностью (80-90%), с более или менее равномерным ходом осадков. На Филиппинских и Малых Зондских островах климат субэкваториальный с коротким сухим периодом.
Рек много, но они короткие, текут в тектонических долинах, несут массу твердого материала (часто вулканического происхождения), который отлагается на прибрежных равнинах, формируя плоские заболоченные низменности, особенно широко развитые на Суматре и юге Калимантана.
Растительный покров на равнинах представлен в основном влажными экваториальными лесами и мангровыми зарослями по побережьям. В муссонных областях с сухим сезоном распространены саванны (часто антропогенного происхождения) и листопадные тропические леса. В горах есть высотная поясность, но во всех поясах обильное увлажнение, поэтому много мхов, эпифитов.
Флора богата видами (только на Калимантане до 11 тыс., на Филиппинах — 10 тыс. видов), что необычно для островов. Связь их с Азией и Австралией прервалась уже в послеледниковое время, поэтому западная и северная части региона по составу флоры схожи с Юго-Восточной Азией, а юго-восточная — с Австралией. Много эндемиков (свыше 500 родов и 30-40% видов).
Животный мир характерен для лесов палеотропиков, однако на юго-восточных островах нет обезьян, тигров, слонов, зато появляются австралийские сумчатые (например, кус-кусы) и птицы (казуары, большеногие куры, райские птицы). На Сулавеси сохранились реликтовые животные — кабан-барбирус, мелкий бык с прямыми рогами.
Под лесами и саваннами формируются красноземы и красно-бурые почвы. На вулканических породах почвы богаты минеральными солями и дают высокие урожаи тропических культур. Люди селятся вблизи вулканов, несмотря на опасность, которой грозит такое соседство.
Некоторые острова (Ява, Малые Зондские, Молуккские, побережье Суматры) густо заселены, их территории освоены людьми с давних времен. На Яве обрабатывается до 70% земель.
В регионе выращивают кокосовые, саговые пальмы, дынное и хлебное деревья, бананы, различные тропические фрукты, гевею, кофейное и хинное деревья, рис, сахарный тростник, на Филиппинских о-вах — текстильный банан (абаку), из которого делают прочную и негниющую манильскую пеньку. На Малых Зондских о-вах производят пряности — гвоздичное и мускатное деревья, перец, ваниль и др. Видовой состав лесов на большинстве островов видоизменен выборочной рубкой деревьев с ценной древесиной (камфорное, тековое, эбеновое, сандаловое деревья и др.). Наиболее густо заселена Ява (более 500 чел/км2). Большая плотность населения на Филиппинских о-вах (в среднем около 140 чел/км2). Лучше всего сохранились естественные ландшафты в центральных районах Калимантана. На территории острова распахано всего около 2% земель, 3/4 площади покрыто лесами. Здесь богатая и разнообразная фауна: обезьяны, в том числе человекообразные — орангутан и гиббон, лори, долгопяты, шерстокрылы, рукокрылые, малайский медведь, носороги, бантенг, около 600 видов птиц, множество насекомых и др.
На наиболее густо заселенных Яве и Суматре природа сильно изменена. Для охраны ландшафтов и редких видов растений и животных организован ряд национальных парков и резерватов. Несколько десятков национальных парков функционируют на Филиппинском архипелаге. К 1985 г. их количество достигло 60.
Малайский архипелаг богат не только своими землями и хорошими агроклиматическими условиями, но и полезными ископаемыми. В недрах островов и на шельфе есть нефть, уголь, оловянные, железные, марганцевые, вольфрамовые, никелевые руды, бокситы. На Филиппинах, кроме того, добывают медные, хромовые, кобальтовые руды и ртуть.
Основные экологические проблемы связаны с вырубкой лесов и деградацией почв. Есть районы в горных долинах, непригодные для жизни людей из-за выделений вредных вулканических газов.