Японские острова — это весьма своеобразный островной регион, который по многим признакам сходен с физико-географическими странами материковой части Восточной Азии, но и существенно отличается от них. Острова (а их более 4 тысяч) находятся на стыке огромного Тихого океана и самого крупного континента Земли — Евразии. Они расположены в переходной зоне от океанической коры к континентальной в области субдукции гигантских литосферных плит (Тихоокеанской и Азиатской), и этим объясняются многие своеобразные черты их природы. Острова, из которых наиболее известны четыре крупных — Хоккайдо, Хонсю, Кюсю и Сикоку, вытянуты дутой протяженностью 3800 км при ширине 150-200 км. От материка они отделены небольшим по площади Японским морем и Цусимским проливом между Корейским полуостровом и о. Кюсю. На севере границу проводят по узким проливам между о. Хоккайдо и Курилами, на юге дута оканчивается архипелагом Рюкю (Нансей).
Особенности природы определяются островным характером региона, его большой протяженностью с севера на юг, расположением в зоне субдукции (тектонической активности земной коры) и в области муссонной атмосферной циркуляции.
Поверхность островов сложно устроена. В цоколе мощной (до 40 км) земной коры прослеживаются структуры и древние (нижнепалеозойские и даже протерозойские), и более поздние (верхнепалеозойские и альпийские).
В гималайскую эпоху произошли движения по разломам с проявлением интенсивного вулканизма. Эти процессы не закончились и в настоящее время. Разломы пересекают с севера на юг все острова, кроме о. Хоккайдо. Гигантский поперечный разлом (Великий грабен, Большой ров, Фосса-Магна) тянется в средней части о. Хонсю. Есть и другие поперечные разломы. В Японии происходит ежегодно до 500 землетрясений разной силы, нередко катастрофических. На островах более 160 вулканов, из них 14 действующих, много проявлений поствулканической деятельности.
На островах сложился раздробленный разнообразный по морфоструктуре рельеф. Глыбовые, складчато-глыбовые, вулканические горы образуют горные узлы и системы хребтов, преимущественно альпийского возраста, высотой до 2000 м и более.
На о. Хонсю в хребтах Акаиси и Хида (Японских Альпах) насчитывается 16 вершин выше 3000 м. Высшая точка островов — вулкан Фудзияма (3778 метров) — священная гора японцев. Низменности (Токийская — Канто, Кинаи, Ноби и др.) приурочены к устьям рек и некоторым участкам побережья. Они сложены речным аллювием, пролювием и морскими осадками.
Климат островов носит муссонный характер, но отличается своеобразными чертами. Регион находится в трех климатических поясах — умеренном (о.Хоккайдо и север о.Хонсю), субтропическом (почти вся остальная территория) и тропическом (архипелаг Рюкю). Большое значение имеет расположение между Тихим океаном и Японским морем с их теплыми (Куросио и Цусимское) и холодными (Ойясио и Приморское) течениями. Характер погод и условия увлажнения определяют муссонная циркуляция и полярный фронт.
Температуры зимних месяцев из-за влияния азиатского муссона, как и во всей Восточной Азии, ниже, чем в других районах, расположенных на тех же широтах: от —9—12°С в 40-х широтах на о. Хоккайдо до 12-14°С у тропика на о-вах Рюкю. Летние температуры меняются с севера на юг от 16°С до 27-28°С. Годовая сумма осадков с летним максимумом (влияние летнего муссона) довольна велика (1000-3000 мм). Распределение их зависит от экспозиции склонов и положения по отношению к циркуляционным потокам. Зимой на западе больше осадков (часто в виде снега), так как зимний муссон проходит над незамерзающими пространствами Японского моря. Летом больше осадков получает восток островов из воздуха летнего муссона. Однако на Японских о-вах нет такого сухого периода, как в материковых регионах Восточной Азии: влияет циклональная деятельность на полярном фронте, располагающемся зимой у восточных, а летом — у западных берегов архипелага. Зимой во всех частях региона, кроме о-вов Рюкю, бывает снег, а в горах снеговой покров до 1,5-2 м мощности держится местами около 100 дней.
Японские о-ва подвержены действию тайфунов. Каждый год, обычно осенью, на острова обрушивается несколько таких опустошительных тропических циклонов.
В связи с обильными осадками в Японии много рек и озер. Реки короткие (самая длинная Синаногава — 367 км), порожистые, имеют огромное количество притоков. Весной на них бывает половодье, летом — дождевые паводки. Озера в большинстве мелкие — горные, вулканического и тектонического происхождения и лагунные вдоль побережий. Самое крупное — Бива (675 км2) в тектонической котловине судоходно и связано каналами с морскими портами.
Растительный покров отличается большим для островного региона разнообразием (5500 видов, из них 160 древесных), много эндемиков. Господствуют лесные формации. Выражена высотная поясность.
Хвойные леса из корейской сосны, сахалинской пихты, хоккайдской ели и др., занимающие равнины и нижний пояс гор на о. Хоккайдо, южнее поднимаются в горы, и на о. Хонсю господствуют смешанные и широколиственные леса из дуба, клена, липы, ясеня с подлеском из бамбука, магнолии, сакуры. Южнее 37° с. ш. в лесах нижнего пояса доминируют вечнозеленые дубы, камфорный лавр, клены. На юге о-вов Рюкю местами растут вечнозеленые леса с пальмами, орхидеями и др.
Под растительными сообществами на Японских о-вах формируются почвы, в целом не отличающиеся высоким плодородием, — красноземы, бурые лесные, подзолистые. В связи с влажным климатом и расчлененным рельефом они подвержены процессам смыва и вымывания ценных для растений элементов.
В фауне Японских о-вов более ярко, чем во флоре, проявляются островные черты. Она бедна видами (нет, например, кошачьих), эндемична. На о. Хоккайдо известна самая северная в мире популяция обезьян-макак, которые имеют густой мех и живут у горячих источников.
Японские острова обладают значительными водными, лесными, агроклиматическими ресурсами, но имеют мало пригодных для обработки равнинных земель. Лесистость островов, несмотря на большое население, более 50% (правда, около трети лесов — субтропические, саженные). Минеральными ресурсами острова небогаты: полезные ископаемые разнообразны — железные, оловянные, марганцевые руды, каменный уголь и др., но запасы их невелики. Японцы широко используют богатства моря.
В этом небольшом по площади, к тому же гористом регионе проживает многочисленное население. Природа подвергается интенсивному антропогенному воздействию. Возникают крупные экологические проблемы. Этому способствуют быстрый экономический рост, большая плотность населения на равнинах, особенно по морским побережьям, высокие темпы урбанизации. Здесь крупнейшие в мире мегаполисы — Токио, Киото, Йокагама.
В 60-70-е гг. XX в. появились проблемы загрязнения воздуха, поверхностных и прибрежных вод, засорения и деградации земель, сокращения площади лесов и увеличения на этом фоне заболеваемости людей.
В 70-е гг. XX в. в Японии были заложены организационно-правовые, финансовые, материальные и научно-технические основы охраны окружающей среды. Экологическую деятельность государственных и общественных организаций регулирует целый ряд законов. Организована система мониторинга за состоянием окружающей среды. Проводится экологическая экспертиза всех товаров по нескольким десяткам веществ, вредных для здоровья людей.
Национальная традиция японцев, существующих на ограниченном островном пространстве, — бережное отношение к природе, умение любоваться и восхищаться ею. При дефиците земельных ресурсов 15% площади страны занимают охраняемые территории — 27 национальных парков и более 500 заповедников, заказников и др. Одним из первых в мире был создан морской национальный парк. Сейчас их около 40.