Эрнест Адам Малиновский родился в Подольском воеводстве в Польше в 1818 году. В юности обучался в известном Кременецком лицее. После подавления восстания 1830 года Малиновский вместе с отцом — который, будучи депутатом польского революционного сейма, сыграл некоторую роль в борьбе за независимость — эмигрировал во Францию. Там окончил Политехнический институт в Париже, а потом знаменитую Школу дорог и мостов и работал инженером на государственной службе, занимаясь регулированием рек и их судоходностью. В 1848 году Малиновский принимал участие в событиях Весны Народов на германской территории.
В 1852 году переехал в Перу, где поступил на государственную службу в качестве инженера. Занимаясь строительными и горными проблемами, Малиновский уделял много внимания ознакомлению с этой экзотической страной, особенно с ее высокогорной зоной с прекрасными и грозными Андами. Малиновский вскоре пришел к заключению, что будущее Перу зависит от решения проблемы создания путей сообщения между населенным побережьем Тихого океана, отделенным от него горным хребтом возвышающихся до неба Андов, и богатой естественными богатствами внутренней частью страны. Посвятив несколько лет обдумыванию проблемы, исследованию местности и измерениям, Малиновский разработал проект трансандинской железной дороги, который в 1859 году предложил властям. Этот необыкновенно смелый замысел не встретился сразу с поддержкой правительственных кругов, главным образом потому, что многие специалисты признали проект нереальным и невыполнимым. Они отдавали себе отчет также и в огромной стоимости такого мероприятия.
В 1866 году Малиновский завоевал большую популярность и доверие властей, благодаря активному участию в обороне порта Кальяо. В стремлении восстановить свою власть в бывшей колонии испанцы снарядили мощный флот против Перу. Уверенные в своем военном превосходстве, испанцы не ожидали сильного сопротивления. Перуанцы решили, однако, защищать свою независимость. Малиновский, будучи другом тогдашнего военного министра Мануэля Польвеза, принимал активное участие в лихорадочной подготовке к защите страны. Полученные из Соединенных Штатов тяжелые орудия, Малиновский поместил на железнодорожных платформах. Уложенные вдоль набережной рельсы дали возможность передвигать платформы и быстро сосредоточивать орудийный огонь на любой точке. План этот оказался очень удачным — батареи нанесли тяжелые потери самоуверенным испанцам и их флот вынужден был убраться восвояси.
В 1868 году приехал в Перу энергичный американский предприниматель Генри Мейггс, который уже свыше десяти лет строил железные дороги в немного ниже расположенных чилийских Андах. Он увлекся трансандинским проектом Малиновского, который, впрочем, также в Перу приобретал себе постоянно сторонников среди просвещенных людей, понимавших какие неисчислимые выгоды принесет стране его осуществление. Благодаря поддержке президента Пардо, а также смышленности Мейггса, который снискал благосклонность некоторых влиятельных личностей запросто их подкупая, парламент одобрил проект трансандинской железной дороги. Под руководством Малиновского строительные работы начались в 1870 году.
Проведение железной дороги в необычайно тяжелых условиях в узкой долине реки Римак потребовало решения многих сложных инженерных проблем, постройки около 30 мостов и свыше 60 туннелей общей протяженностью около 6 километров. Самая большая мостовая конструкция, виадук Верругас, опиралась на установленные в пропасти опоры. Высота средней опоры составила 77 метров, что являлось тогда мировым рекордом. Линия длиной в 219 километров ведет из Кальяо к местности Ороя на восточном склоне Андов. На самой высокой точке на высоте 4768 метров над уровнем моря был пробит в горном хребте туннель длиной 1173 м. Это и поныне железная дорога, расположенная выше всех в мире.
Выполнение строительных работ в высокогорных условиях являлось необыкновенно трудным. Все снабжение нужно было доставлять при помощи сотен вьючных животных, мулов и лам. Люди ужасно страдали вследствие огромных суточных колебаний температуры, достигающих 40 градусов, и из-за работы на больших высотах в разреженном воздухе. Они были подвержены многим опасностям, так как работы выполнялись во многих местах, где проход нескольких шагов являлся настоящим достижением. К тому же во время работ вспыхнула эпидемия, которая поглотила несколько тысяч жертв. Трансандинскую железную дорогу строили главным образом китайские и чилийские рабочие, а выше расположенные партии — местные индейцы. Некоторые более трудные работы при монтаже мостов через пропасти выполнялись моряками, привыкшим к хождению по такелажу судов. Спустя несколько лет, вследствие финансового кризиса, близкие к завершению строительные работы были на некоторое время прерваны.
В 1880 году, после военного поражения, Перу подверглось чилийской оккупации. Малиновский переехал в Эквадор, где руководил строительством железной дороги Гуаяниль — Кито и проявлял активную деятельность в пользу независимости Перу, печатая на эту тему статьи в американской прессе. После возвращения в Перу в 1886 году, Малиновский был консультантом британского общества, которое выкупило заложенные перуанским правительством железные дороги. Сотрудничал также с политехническим институтом в Лиме, который был основан другим поляком — Эдвардом Хабихом. Эрнест Малиновский был закоренелым холостяком, обладал безукоризненными манерами, владел многими языками. Отличался общительностью, в своем доме в Лиме охотно принимал гостей. Он был также одним из основателей перуанского Общества изящных искусств.
Если вас посчастливится путешествовать по Перуанским Андам, то в горах, на высоте почти 5000 метров над уровнем моря, вы можете увидеть памятник, установленный в честь польского строителя. Надпись под польским и перуанским гербами гласит: «Эрнест Малиновский. 1818 — 1899. Инженер польский, патриот перуанский. Герой обороны Кальяо 1866 года. Строитель Центральной Трансандинской железной дороги».