Поскольку около трех четвертей населения мира (см. статью «Население Земли«) живет на побережьях, не удивительно, что океаны страдают от загрязнения и других последствий человеческой деятельности. К сожалению, люди всегда относились к океанам как к свалке мусора. Даже люди, живущие далеко от берегов, не безвинны: реки каждый год несут 9,3 млрд. тонн ила и отходов к прибрежным водам. 
Береговые места обитания животных, такие, как болота и зоны приливов, исчезают ввиду строительства портов, заводов и туристических комплексов, а ведь именно эти места изобилуют морскими животными и растительностью. Основной вид загрязнения — загрязнение промышленными и бытовыми сточными водами. Химикаты, пестициды и другие промышленные продукты — распространенные загрязняющие вещества, которые были обнаружены в организме пингвинов, арктических тюленей и даже рыбы-крысохвоста, пойманной на глубине 3000 метров. Белухи в устье реки Святого Лаврентия в Северной Америке, численность которых снизилась с 5000 до 460, сами стали токсичными: в их организме накапливается больше отравляющих веществ, чем в организме любого другого морского млекопитающего.
Отчасти загрязнение океанов вызывают суда или оборудование, используемое при добыче полезных ископаемых в открытых водах, но гораздо сильнее оказывается загрязнение, вызванное деятельностью человека на суше. Нефть, сточные воды и мусор — вот только некоторые из загрязняющих веществ, которые мы сбрасываем в моря. Около 2 млн. тонн нефти каждый год выливается в океаны: четверть — из судов, а остальное — при добыче на берегу. Цветение планктона, или «красные приливы», — это внезапный бурный рост планктона, вызванный увеличением содержания питательных веществ в воде, обычно от сточных вод и сельскохозяйственного стока, содержащего удобрения. Огромные количества отходов поглощают кислород из воды в процессе гниения. В конце концов даже на дне морей наблюдается нехватка кислорода, как в Балтийском море, где почти половина глубоких вод в настоящее время является в буквальном смысле безжизненной.
Сброс мусора в океаны катастрофически увеличился с тех пор, как были изобретены пластмассы и другие синтетические материалы, которые не тонут и не разлагаются (некоторые могут сохраняться на протяжении 50 лет). Пластиковые банки, упаковочные материалы и множество различного хлама океанские течения несут вдаль от берегов. Черепахи и киты затем гибнут, съедая плавучие пластиковые банки. Около 150 тыс. тонн пластиковых сетей и лесок выбрасывается рыбаками каждый год, свыше 800 км пластиковых рыболовных сетей находится в одной только северной части Тихого океана. В сетях запутываются черепахи, морские птицы, многие морские млекопитающие. В настоящее время большинство рыболовов пользуется пластиковыми дрифтерными сетями, огромными и очень тонкими, которые не могут разглядеть ныряющие птицы или обнаружить дельфины с помощью звуковых импульсов. Промысловые рыболовные флотилии могут устанавливать до 32 тысяч км. сетей в день в рыболовный сезон, одна сеть может простираться на расстояние до 50 км. Такие сети применяются во всех океанах для ловли кальмаров, а так же тунца, лосося и другой рыбы. В Тихом океане уже погибло около 100 тысяч дельфинов и миллионы птиц, запутавшись в сетях. Другие современные средства рыбы тоже часто становятся причиной гибели множества морских животных — например, в тралы для ловли креветок попадают черепахи.
Гибель кораллов
Туристы и корабли наносят большой ущерб коралловым рифам. Кроме того, кораллы обесцвечиваются (становятся белыми) и могут погибнуть при повышении температуры воды или под воздействием некоторых загрязняющих веществ. Кораллы душит ил, смываемый с берега, принесенный реками в результате вырубки лесов или же поднятый со дна моря землечерпалками.
Загрязнение Средиземного моря
Средиземное море окружают 18 стран, на его берегах расположено по меньшей мере 120 крупных городов, сливающих промышленные и бытовые сточные воды в море. Поскольку Средиземное море почти со всех сторон окружено сушей, загрязняющие вещества не выносятся в океан, и со временем их концентрация увеличивается. Сотни дельфинов афалин погибли в Средиземном море в 1990 г. Вирус, обнаруженный в их организме, оказался подобным вирусу в организме тюленей, погибших в Северном море в тот же период. Эти заболевания могут быть связаны с загрязнением, хотя это предположение до сих пор не подтвердилось. В 1975 г. страны Средиземноморья разработали совместный план действий по борьбе с загрязнением. С тех пор увеличения загрязнения не наблюдалось, но предстоит решить еще немало проблем.
Гибель птиц из-за утечек нефти
Утечки нефти часто приводят к гибели морских птиц, поскольку нефть разрушает водоотталкивающий слой на перьях и они пропитываются водой. Пытаясь очистить перья, птицы погибают от отравления. 
Считается, что 30 тыс. птиц погибло в результате утечек нефти во время войны 1991 г. в Персидском заливе. Утечка нефти с «Эксон Волдеза», супертанкера, который сел на мель в 1989 г. в Принц-Уильям-Саунде, Аляска, составила 50 млн. л. Из-за нее погибло свыше 36 тыс. морских птиц, 1000 каланов и пострадало около 1600 км побережья.
Динофлагелляты — крохотный планктон, который неожиданно зацветает и вызывает «красные приливы», когда в морской воде повышается уровень питательных веществ (см. рис.). Такие виды динофлагеллятов, как Gonyaulax и Glymnodium, могут быть очень ядовитыми и вызвать загрязнение морских продуктов, которые мы едим.
Ловля рыбы с помощью динамита
В некоторых странах рыбаки пользуются способами, которые наносят серьезный ущерб морскому дну. На Филиппинах глушат рыбу взрывами динамита. Потом она всплывает на поверхность, где ее собирают сетями. Но эти взрывы также губят коралловые рифы, многие растения и животных.
Уничтожение мангровых деревьев
Мангровые деревья вырубают во всем мире: они идут на топливо, их древесина используется для различных целей. На Филиппинах общая площадь мангровых лесов с 1990 по 1988г. снизилась с 33 тыс. км5 до 9600 км2. Во многих странах, таких, как Эквадор и Индонезия, мангровые деревья вырубают, чтобы устроить пруды для разведения креветок и рыбы.